药物制剂国家工程研究中心前身为上海医药工业研究院药物制剂研究室，创立于1957年，是国内最早从事药物制剂研究的机构。
1995年8月5日由原国家计划委员会批准立项筹建药物制剂国家工程研究中心，以解决中国新型药物制剂研究成果转化的瓶颈—工程化和产业化问题，依托单位为上海医药工业研究院。2006年，中心总部搬迁至上海浦东张江高科技园区。2011年，中心和上海医药工业研究院等单位一起并入国药集团，现隶属于中国医药工业研究总院。
药物制剂国家工程研究中心法人注册名称为上海现代药物制剂工程研究中心有限公司，董事长为侯惠民院士，是上海市生物医药创新服务平台的核心成员。
药物制剂国家工程研究中心是我国从事给药系统研究唯一的国家级工程研究中心，十多年来，中心创建了能体现我国新型药物制剂和释药系统领先水平的8个技术平台，包括：口服缓控释给药、载体给药、经皮给药、新型注射给药、黏膜给药、天然药物制剂、新制剂关键设备制造以及药代动力学研究等技术平台；建立了国家食品药品监督管理局药品包装材料科研检验中心。在口服、注射、透皮等释药系统产业化方面形成了独特的技术优势，是国内给药系统研究的领航者。
中心先后与上海现代制药股份有限公司、复旦大学药学院、山西亚宝药业集团股份有限公司、美国TSI公司、日本岛津公司、德国拜耳先灵医药股份有限公司等多家国内外知名高校及企业建立了联合实验室。